Пруфлинк можно? Здравый смысл подсказывает, что командиру корабля на месте виднее. Кроме того:

Корабельный Устав Военно-Морского Флота
132. Командир корабля является прямым начальником всего личного состава корабля. Он является единоначальником и отвечает:
б) за выполнение кораблем поставленных задач, применение оружия и использование технических средств, оборону и защиту корабля;
135. В случаях, не предусмотренных уставами и приказами, командир корабля поступает по своему усмотрению, соблюдая интересы и достоинство Российской Федерации.

В пограничной службе, думаю, примерно так же.