Можно через автомат заплатить. Для "подорожника" есть возможность пополнения на сайте, но для этого нужно знать номер карты (на УЭК он, наверное, есть, но не указан), и после онлайн-пополнения нужно приложить карту к валидатору в метро.

Кстати, в связи с этим - хохма. Банкоматы банка "Санкт-Петербург" умеют пополнять БСК с банковской карты. УЭК - это БСК и банковская карта в одном флаконе. Но пополнить её с самой себя, боюсь, не получится, поскольку БСК и банковская карта вставляются в банкомате в разные приёмные устройства (не говоря уже о том, что систему ПРО100 мало кто понимает).